Mootools es más que un excelente framework, es tremenda herramienta de desarrollo. Y de efectos. En su sitio web oficial, la documentación deja algo que desear, y la falta de ejemplos desglosados impide que quienes no estén acostumbrados a esta herramienta pueda siquiera comenzar a usarla. Un efecto que me gusta mucho y que he utilizado un par de ocasiones es FX.Scroll, donde puedes a través de id`s linkear a secciones dentro de un div, y el script te llevará volando hacia su objetivo, con una suave transición. Para que sepan de lo que hablo, vean el ejemplo final:

Ver ejemplo final

Bueno, la idea es mostrar cómo se hace para que uds. puedan replicarlo según sus necesidades. Comenzaré por el HTML que se constituye de 3 partes: el menú (#menu, que lo pueden hacer cómo se les dé la gana, lo importante son los id‘s de los links), el div que albergará las secciones (#dentro, que están posicionadas absolutamente) y el contenedor que funciona como una ventana que esconde el resto (#envoltura esconde con overflow: hidden):

<ul id="menu"><!-- #menu -->
  <li><a id="link1" href="#">Contenido 1</a></li>
	<li><a id="link2" href="#">Contenido 2</a></li>
	<li><a id="link3" href="#">Contenido 3</a></li>
</ul><!-- /#menu -->
<div id="envoltura"><!-- #envoltura -->
  <div id="dentro"><!-- #dentro -->
		<div id="contenido1">
			<h1>1</h1>
		</div>
		<div id="contenido2">
			<h1>2</h1>
		</div>
		<div id="contenido3">
			<h1>3</h1>
		</div>
	</div><!-- /#dentro -->
</div><!-- /#envoltura -->

Ya el CSS es lo que ayuda a la magia (obviaré el estilo del #menu):

#envoltura {
  clear: both;
  margin: 5px auto;
  overflow: hidden; 
  height: 300px; 
  width: 600px;
  border: 3px solid #666;
  position: relative;
}
  
#dentro {
  width: 1600px;
  height: 1600px;
  background: url(imgs/fondo.jpg) center center no-repeat;
  position: relative;
}
  
h1 { 
  color: #fff;
  font-size: 200px;
  text-shadow: #000 1px 1px 10px;
}
  
  #contenido1 {
    position: absolute;
    left: 250px; 
    top: 80px;
  }
    
  #contenido2 {
    position: absolute;
    left: 800px; 
    top: 1200px;
  }
    
  #contenido3 {
    position: absolute;
    left: 900px; 
    top: 550px;
  }

Y finalmente lo que hace la magia, el JS. Antes que todo se linkea mootools.js, y luego el script que podemos configurar a nuestro gusto:

window.addEvent('domready', function(){
  var scroll = new Fx.Scroll('envoltura', {
    wait: false,
    duration: 1000,
    offset: {'x': -230, 'y': -20},
    transition: Fx.Transitions.Back.easeInOut
  });
  
  $('link1').addEvent('click', function(event) {
    event = new Event(event).stop();
    scroll.toElement('contenido1');
  });
  
  $('link2').addEvent('click', function(event) {
    event = new Event(event).stop();
    scroll.toElement('contenido2');
  });
  
  $('link3').addEvent('click', function(event) {
    event = new Event(event).stop();
    scroll.toElement('contenido3');
  });			
});

Bueno, nuevamente les dejo el link al ejemplo final:

Ver ejemplo final